MDriver_skill — LAMMPS 分子动力学算例配置 Agent Skill（内置官方源码背板）

一个可挂载到 AI 编程助手（Claude / Copilot / Cursor 等支持 Agent Skill 的智能体）的领域技能包。 挂载后，智能体获得为 LAMMPS 生成、修改、静态校验分子动力学 (MD) 输入脚本 (in.*) 与数据文件 (data.*) 的专业能力， 并以内置的完整官方 LAMMPS 源码 (src/ + doc/) 为“反幻觉背板”，禁止凭记忆杜撰命令语法与势函数参数。

本技能只生成配置文件——LAMMPS 的实际运行（lmp -in in.xxx）交给你本机安装的 LAMMPS。

---

能做什么

场景	产出
从零搭建 MD 算例	完整 in.* 主脚本（+ 按需 data.* 初始构型 + 势文件清单）
力场选型与配置	LJ / EAM / Tersoff / Stillinger-Weber / ReaxFF / CHARMM / OPLS 的 pair_style + pair_coeff
系综与控温控压	NVE / NVT / NPT，Nosé-Hoover / Langevin / Berendsen
ReaxFF 反应/热解/燃烧	atom_style charge + pair_style reaxff + fix qeq/reaxff + 预松弛 + 合适时间步
能量最小化与预平衡	minimize + velocity + 分段 run 探针
修改已有算例	解析 units/atom_style/pair_style/fix，保持三者自洽的最小改动

每次交付都附三份总览：MANIFEST.md（文件清单）、ALGORITHM.md（力场/系综方案+官方源码依据）、TUNING.md（问题与调优）。

---

快速开始

1. 获取完整包（含官方源码背板，推荐）

到本仓库 Releases 下载 MDriver_skill.zip（约 7.5 MB，已内置 LAMMPS 完整 src/ + doc/src/），解压后把 lammps-md-case-builder/ 目录挂载为智能体的 Skill。

MDriver_skill/
├── lammps-md-case-builder/         ← 挂载这个目录
│   ├── SKILL.md
│   ├── reference/
│   ├── templates/
│   └── backplane/
│       ├── SOURCE_MAP.md
│       └── vendor/
│           └── lammps-official/    ← 完整官方 src/ + doc/（背板）
└── _shared/

2. 仅克隆脚手架（本仓库 git 内容，不含大源码）

git clone https://github.com/LZF1111/MDriver_skill.git
cd MDriver_skill/lammps-md-case-builder/backplane
# 按需拉官方源码到 vendor/（联网）或登记本机 LAMMPS 安装（离线）
bash fetch_sources.sh clone     # 或 pwsh ./fetch_sources.ps1 clone

---

框架：三层“反幻觉背板”

LAMMPS 命令数量巨大、每个 pair_style/fix 参数各异，凭记忆写极易错（元素映射错位、拓扑不符、时间步过大导致 Lost atoms）。本技能用三层背板消除这一点：

① SOURCE_MAP.md（指针索引，随包）
   命令 → doc/src/<cmd>.rst（手册） + src/<cmd>.cpp（语法权威）
        │
        ▼
② fetch_sources.*（按需获取）
   git clone 官方 src+doc → vendor/  或  登记本机 LAMMPS 安装（含 potentials）
        │
        ▼
③ vendor/lammps-official（本包已内置实拷）
   完整官方 src/（settings()/coeff()/init_one() = 命令语法权威）
   + doc/src/*.rst（逐命令手册）

强制流程：写任何 pair_style/fix/compute/pair_coeff 前 → 查 SOURCE_MAP.md → 打开对应 .rst 手册与 .cpp 源码对齐参数顺序与单位 → 照实写 → 在 ALGORITHM.md 标注参照路径。

势函数参数文件（EAM/ReaxFF ffield 等）体量大且版权各异，不随包内置；SOURCE_MAP.md 说明如何从官方 potentials/ 获取，fetch_sources.* link 可登记本机安装的 potentials/。

内置包已含常用包源码：REAXFF、MANYBODY（Tersoff/SW/EAM）、MOLECULE、KSPACE、RIGID、EXTRA-FIX。

---

目录结构

lammps-md-case-builder/
├── SKILL.md                       # 技能入口：纪律 + 工作流 + 交付契约
├── reference/                     # 按需读取的领域细节
│   ├── input-script-anatomy.md    #   in.* 8 段结构 + units/atom_style 对照
│   ├── force-fields.md            #   LJ/EAM/Tersoff/SW/ReaxFF/CHARMM/OPLS 选型与写法
│   ├── ensembles-thermostats.md   #   NVE/NVT/NPT + 控温 group 陷阱
│   ├── reaxff-workflow.md         #   ReaxFF 完整脚手架 + qeq + 预松弛
│   └── error-patterns.md          #   高频报错 + 12 类静态自检清单
├── templates/                     # 可直接拷贝改数的骨架
│   ├── in.lj_melt                 #   LJ 单位 NVT 熔化，最小可跑
│   ├── in.metal_eam               #   metal 单位 EAM 金属 NPT
│   ├── in.reaxff                  #   ReaxFF 反应力场完整流程
│   ├── data.header.example        #   data.* 文件头结构
│   └── overviews/                 #   MANIFEST/ALGORITHM/TUNING 模板
└── backplane/
    ├── SOURCE_MAP.md              # 命令 → doc/src + src 映射表
    ├── fetch_sources.sh / .ps1    # status / clone / link 三模式
    └── vendor/                    # 官方源码落地处（完整包在 Release 内）

---

核心纪律（技能内置，节选）

1. 三者自洽：units ↔ atom_style ↔ pair_style ↔ data 一环扣一环 （real+有机→full+含 Bonds；metal+金属→atomic+EAM；ReaxFF→charge 且 data 无 Bonds）。
2. timestep 匹配 units：real 0.5–1 fs、metal 1–2 fs、lj 0.005、ReaxFF 0.1–0.25 fs（写大必 Lost atoms）。
3. 初始构型先 minimize 再 run——初始重叠是 Lost atoms 头号原因。
4. pair_coeff 元素映射列严格对应 data 里的 atom type 顺序，错位=参数用错原子。
5. 控温器别挂 all——流动/有定向速度体系要去质心后再控温。
6. 先静态自检 → run 200 探针 → run 2000 → 长跑。

---

License

MIT（本技能脚手架）。backplane/vendor/lammps-official/ 内为 LAMMPS 官方源码，版权归 LAMMPS / Sandia National Labs（GPL-2.0），仅作为查询背板内置，请遵循其原始许可。